Didžiausia staigmena tapo 1997 metų Čempionų lygos nugalėtojo Dortmundo "Borussia" nesėkmė - vokiečių klubas prieš "Genk" pirmąjį mačą Belgijoje buvo laimėjęs minimaliu skirtumu, bet namuose netikėtai pralaimėjo 1-2 ir iškrito dėl išvykoje įmuštų įvarčių taisyklės.
Įdomus susitikimas vyko Maskvoje, kur vietos "Spartak" sužaidė rezultatyviomis lygiosiomis su "Villareal" ir pasitraukė iš turnyro, nes buvo pralaimėjęs Ispanijoje. Kitas ispanų klubas Madrido "Atletico" prieš slovakų "Zlin" namuose pralaimėjo net 0-2, bet žengia toliau dėl pergalės 2-4 pirmose rungtynėse.
Visi trečiojo etapo rezultatai:
"%c00171" - "%c00100" Bendras 2 - 2 (Pirmos 0-1, antros 2-1)
"%c00177" - "%c00024" 3 - 5 (2-2, 1-3)
"%c00076" - "Leiria" 2 - 6 (1-4, 1-2)
"%c00015" - "Vardar" 7 - 1 (5-0, 2-1)
"Liberec" - Roda" 2 - 1 (1-0, 1-1 po pratęsimo)
"%c00094" - "Dinamo Minsk" 4 - 3 (2-1, 2-2)
"Slaven" - "Spartak Trnava" 2 - 2 (0-0, 2-2)
"Zlin" - "%c00017" 4 - 4 (2-4, 2-0)
"%c00086" - "%c00114" 3 - 2 (1-0, 2-2)
"%c00123" - "%c00199" 1 - 5 (1-1, 0-4)
"%c00066" - "Cork" 4 - 2 (3-1, 1-1)
"Tampere" - "OFK" 0 - 1 (0-0, 0-1)
Pusfinalio poros:
A. "Esbjerg" (Danija) - "Schalke" (Vokietija)
B. "OFK" (Serbija ir Juodkalnija) - "Atletico" (Ispanija)
C. "Genk" (Belgija) - "Leiria" (Portugalija)
D. "Villarreal" (Ispanija) - "Hamburger" (Vokietija)
E. "Lille" (Prancūzija) - "Slaven" (Kroatija)
F. "Liberec" (Čekija) - "Nantes" (Prancūzija)
Finalo poros:
E poros laimėtojas - C poros laimėtojas
A poros laimėtojas - F poros laimėtojas
D poros laimėtojas - B poros laimėtojas